Киллиан Мерфи родился 25 мая 1976 года в Дугласе, а вырос в Ballintemple- двух пригородах города Корк (графство Корк, Ирландия).

Киллиан - старший из четверых детей в семье педагогов: его отец работает в Ирландском Департаменте образования, а мать преподает французский язык в школе. Дяди, тети и дед Киллиана также работают преподавателями.

Среднее образование будущая кинозвезда получил  в Presentation Brothers College  в Корке.

Семья была музыкальной и Киллиан с детства увлекался музыкой, лелея мечту стать рок-звездой.

В 1992 году, в возрасте 16-ти лет, Киллиан попал на урок драмы, который провел в школе Киллиана Пэт Кирнан (Pat Kiernan), арт-директор Театральной Компании Корка (Cork's Corcadorca Theatre Company) .

Киллиан был очарован: "Я испытал такое возвышенное чувство. Такое же, как и при занятиях музыкой. Вы словно получаете импульс в ваш спинной хребет- как от наркотиков или хорошего секса. Что-то в вас говорит - "ДА!" , и вы живете только этим моментом."

Однако, главным увлечением Киллиана в его подростковые годы была музыка  .

Киллиан играл в нескольких группах, самой серьезной из которых можно считать "The Sons of Mr. Green Genes ". Киллиан писал для группы песни, играл на гитаре и пел, и даже своего младшего брата Пэйди привел в группу.

В 1996 году звукозаписывающая компания Acid Jazz label предложила коллективу  контракт, но родители парней не разрешили им его подписать, испугавшись, что неопытные исполнители будут порабощены безжалостной музыкальной индустрией (Пэйди на тот момент еще учился в средней школе).

При ближайшем рассмотрении контракт действительно оказался не очень хорош,- по нему группа теряла все права на свои песни (в конце концов, этот звукозаписывающий лейбл "приказал долго жить" несколько лет спустя).

Закончив колледж (Presentation Brothers College Cork) , Киллиан поступил в Университет Корка (University College Cork (UCC),  на юридический факультет, где вскоре стал играть в студенческом театре. Сначала актерская игра была для Киллиана только средством развлечения и способом убить время в выходные дни. Но лицедейство увлекало молодого человека все больше, и в один прекрасный день Киллиан решил, что быть актером гораздо интереснее, чем адвокатом.

Забросив учебу, Мерфи упорно ходил на прослушивания в  Corcadorca Theatre Company, и в конце концов, его настойчивость была вознаграждена: его взяли на роль Свина в постановке Энды Уолш ( Enda Walsh) "Диско-Свиньи".

Это была очень популярная в Ирландии современная пьеса о двух асоциальных подростках и их диковатой любви .

Профессиональный дебют Киллиана состоялся в том же 1996 году в  Cork's Triskel Theatre.

Первоначально планировалось  показывать спектакль несколько недель, но он имел такой успех, что постановка отправилась на Дублинский Краевой Фестиваль (Dublin Fringe Festival), где получила  первую премию, а игра Киллиана собрала массу восторженных рецензий.

Пьесу также вывозили на гастроли в Великобританию и в 2001 году сделали киноверсию, пригласив Киллиана на главную роль ( к тому времени у Киллиана уже были сыграны небольшие эпизоды в фильмах The Trench, The Ambassador и The Tale of Sweety Barrett, а также главыне роли в молодежных картинах Sunburn и On the Edge  и в фильме-притче How Harry Became a Tree)